Використання апарату теорії нечітких множин для формалізації знань автоматично ставить перед дослідником задачу вибору типу нечіткої множини для побудови функцій належності.

Відомо, що знання, які отримують за допомогою експертів, містять різні види невизначеностей. Якщо знання є результатом обробки  експериментальних даних,  то впевнено можливо вказати на існуючу в таких даних значну кількість шумів. Саме тому важливим є пошук методик, які дають можливість подання та обробки недовизначених або майже суперечливих вхідних даних. Найбільш пристосованими для обробки таких даних є методи теорії нечітких множин та нечіткої логіки. 

Поширеними є труднощі, що виникають у розробників експертних систем, що працюють з апаратом нечітких множин, а саме з вибором типу нечіткої множини для подання знань, або проблеми, що пов’язані з визначенням  ступеня участі експерта та міри використання експериментальних даних.