КОНФЕРЕНЦІЇ ВНТУ електронні наукові видання, 
X Сучасні проблеми інфокомунікацій, радіоелектроніки та наносистем (СПІРН-2025)

Розмір шрифта: 
ВИЗНАЧЕННЯ МІШЕНЕЙ ДЛЯ ПОШУКУ ПІД ЧАС АНАЛІЗУ НЕКОДУЮЧИХ ДІЛЯНОК ДНК ЛЮДИНИ
Олександр Андрійович Каплунський

Остання редакція: 2025-11-04

Анотація


Робота присвячена обчислювальному аналізу некодуючих ділянок (НКД) ДНК людини. Розглянуто ключові мішені для пошуку, зокрема регуляторні елементи (промотори, енхансери) та гени некодуючих РНК. Описано важливість ідентифікації консервативних мотивів та епігенетичних маркерів (метилування ДНК, модифікації гістонів) для розуміння їхньої функціональної ролі. Пошук таких ділянок буде корисним як для фундаментальної науки, так і для задач прикладної медицини. 

 

DEFINING TARGETS FOR SEARCH DURING ANALYSIS OF NON-CODING REGIONS OF HUMAN DNA

 

The paper is devoted to computational analysis of non-coding regions (NCR) of human DNA. Key targets for search are considered, in particular regulatory elements (promoters, enhancers) and non-coding RNA genes. The importance of identifying conservative motifs and epigenetic markers (DNA methylation, histone modifications) for understanding their functional role is described. The search for such regions will be useful both for basic science and for problems of applied medicine.

Keywords: non-coding DNA, motif search, regulatory elements, epigenetic markers, non-coding RNA, bioinformatics.


Ключові слова


некодуюча ДНК, пошук мотивів, регуляторні елементи, епігенетичні маркери, некодуючі РНК, біоінформатика

Посилання


  1. Ludwig M. Z. Functional evolution of noncoding DNA. Current opinion in genetics & development. 2002. No. 12 (6). P. 634–639.
  2. Shabalina S. A., Spiridonov N. A. The mammalian transcriptome and the function of non-coding DNA sequences. Genome biology. 2004. No. 5 (4). Art. 105. 8 p.
  3. Shanmugam A., Nagarajan A., Pramanayagam S. Non-coding DNA-a brief review. Journal of Applied Biology and Biotechnology. 2017. No. 5. P. 42–47.
  4. López-Urrutia E., Montes L. P. B., de Guevara Cervantes D. L., Pérez-Plasencia C., Campos-Parra A. D. Crosstalk between long non-coding RNAs, micro-RNAs and mRNAs: deciphering molecular mechanisms of master regulators in cancer. Frontiers in oncology. 2019. No. 9. Art. 669. 8 p.
  5. Elliott K., Larsson E. Non-coding driver mutations in human cancer. Nature Reviews Cancer. 2021. Vol. 21 (8). P. 500–509.
  6. Yang L., Zhou T., Dror I., Mathelier A., Wasserman W. W., Gordân R., Rohs R. TFBSshape: a motif database for DNA shape features of transcription factor binding sites. Nucleic acids research. 2014. Vol. 42 (D1). P. D148-D155.
  7. Paraskevopoulou M. D., Hatzigeorgiou A. G. Analyzing miRNA–lncRNA interactions. Long non-coding RNAs: methods and protocols. New York, NY : Springer New York, 2016. P. 271–286.
  8. Shapiro J. A., von Sternberg R. Why repetitive DNA is essential to genome function. Biological Reviews. 2005. No. 80 (2). P. 227–250.
  9. Al Aboud N. M., Tupper C., Jialal I. Genetics, Epigenetic Mechanism. StatPearls. StatPearls Publishing, Treasure Island (FL), 2025. URL: https://europepmc.org/article/nbk/nbk532999
  10. Richa R., Sinha R. P. Hydroxymethylation of DNA: an epigenetic marker. EXCLI journal. 2014. Vol. 13. P. 592–610.

Повний текст: PDF